动物基因组
本数据集为 2026 年 6 月全新完成的欧洲核苷酸档案库 ENA 专项检索筛选成果,严格筛选仅 FASTQ 原始测序 reads 数据,剔除 BAM、VCF、基因组组装、线粒体单一片段等不符合全基因组原始测序需求的记录,专门面向牛属(原牛 + 驯化家牛)古 DNA 考古基因组、现代畜牧群体遗传演化研究,分层整理高深度可用测序样本,规避低深度无效样本,大幅节省文献检索、数据库筛选时间。
一、覆盖样本分层(含地理、年代、测序深度、项目编号)
原牛外类群(Bos primigenius)
包含 2 套高深度原牛全基因组原始测序项目:英国全新世原牛(PRJNA294709,合计深度 67X)、中石器时代欧洲原牛(PRJEB74338,合计深度 167X),全部带 ENA 可直接下载 fastq_ftp 链接,适合作为群体演化外类群对照。
近东早期驯化家牛(新石器 - 青铜铁器时代)
项目 PRJEB31621(Verdugo 2019 经典古牛基因组文献),涵盖伊拉克、伊朗、以色列、土耳其近东早期驯化样本:新石器早期驯化个体 Men1 (45X)、Bes2 (91X) 等高深度样本;青铜 / 铁器时代以色列古牛 Tsa1 (3.1X),同时标注 < 1X 极低深度样本,方便直接剔除。
欧洲新石器 - 铜石并用古家牛
塞尔维亚新石器、铜石并用时期家牛 Plo2/Plo4/Plo8(深度>1X 可用),同步标注 Bel/Bla 系列低深度无效样本,区分可用 / 不可用测序个体。
欧洲中世纪早期家牛
荷兰温斯姆布鲁赫布伦早期中世纪家牛(PRJEB74338,合计深度 51X),填补欧洲中世纪古牛基因组空白。
现代地方本土牛品种(斯堪的纳维亚)
30 个瑞典本土地方牛品种全基因组重测序(PRJEB60564),瑞典山地牛、芬纳牛、红无角牛等,测序深度 18–54X,适合现代本土畜禽遗传多样性分析。
现代商用 / 南欧标准化肉牛
瑞士商用牛重测序数据集(PRJEB18113),安格斯、荷斯坦、契安尼娜、西门塔尔、利木赞等主流品种,测序深度 15–30X,商用畜禽育种对比必备。
二、明确数据缺口与研究注意事项(规避论文踩坑)
罗马时期欧洲古牛(2500–1500 年前):目前无公开全基因组 FASTQ 原始测序数据,报告明确标注数据缺失,不推荐用线粒体、变异文件替代;
维京斯堪的纳维亚古牛(900–1200 年前):暂无对应古 WGS 原始测序,仅可用荷兰中世纪样本作为临时替代,标注文献检索补充方向;
中国古牛数据集:当前数据集欧洲 / 近东样本充足,无需补充,如需东亚古牛可单独咨询。
三、配套交付文件
完整筛选报告(Markdown 文档):含全部项目编号、样本编号、测序 run 号、年代地理、测序深度估算公式、ENA 检索语句、样本可用性标注;
3 份可直接导入 Stata/R/Python 的 TSV 结构化清单:
verdugo_prjeb31621_runs.tsv(近东古牛测序 run 完整清单)
verdugo_prjeb31621_samples.tsv(近东古牛样本分层表)
swedish_prjeb60564_runs.tsv(瑞典现代地方牛测序清单)
深度估算标准:采用 ENA 官方 base_count÷2.7Gb 标准化样本测序深度,统一可比。
四、适用论文方向
考古遗传学:原牛驯化起源、近东 / 欧洲家牛驯化扩散路径、古代畜禽种群演化;
畜牧遗传育种:地方畜禽遗传多样性、商用肉牛品种群体分化;
演化经济学:史前畜牧业发展、古代动物资源交流;
生信分析:古 DNA 原始测序批量下载、WGS 群体重测序数据预处理;
五、数据优势
人工逐条筛查 ENA 数据库,仅保留 FASTQ 原始 reads,过滤大量无法用于从头比对的变异 / 组装文件;
区分高深度有效样本、极低深度无效样本,不用自行筛选,直接用于群体分析;
全部附带官方 ENA 下载通路,可批量脚本拉取测序数据;
标注现有数据空白点,避免投稿时被审稿人质疑数据完整性;
结构化 TSV 表格,一键导入生信 / 计量软件开展后续分析。